柯南最近的日子过得很丰富多彩，因为他最终还是被迫回到了小学一年级，而且还被三个小鬼头盯上。
在经历了一场“鬼屋”探险后，找出了五年前一起凶案的真相。
然后又跟着靠“沉睡的小五郎”名声大噪赚了不少钱的毛利父女外出旅行，在回程的豪华游轮上处理了一起豪门恩怨。
回家后没多久又处理了一起医闹。
反正纪一也不知道是不是因为柯南最近业务比较繁忙，所以有希子和优作暂时还没有下手。
好消息是或许是因为柯南最近的业绩多数在外地或是事后才报警，整个警视厅搜查一课很长一段时间的工作量都减轻了不少。
此时的毛利侦探事务所内，柯南正在玩游戏。
而小兰则在旁边询问关于柯南爸妈的事情。
柯南回头撇了一眼，手上动作不停，只是“哦”了一声就回头继续全神贯注于战斗。
“哦什么哦！你的父母调职去了海外后，就把你一个人丢在这里，实在太不像话了！你真是太可怜了！”
小兰生气了，声音大了起来。
而毛利小五郎也开始念叨过了这么久，柯南的父母一点消息没有。
父女两人正商量着去找阿笠博士问问怎么联系柯南父母。
正在柯南迅速思考如何解决现在的困境时，有人按了门铃。
小兰去开门，和来人简单沟通了两句后，满脸开心地回过头对柯南说：“柯南，有人来接你了，你看看门口，你妈妈来接你了！”
柯南看过去，是一个圆脸有点胖胖的女人。
“哈？”柯南懵逼。
“小南，真对不起，让你一个人孤零零地留在这里，一定很寂寞吧……”
说着，女人跪下来，一把抱住柯南，直接把柯南吓出了表情包。
紧接着，柯南从女人怀里挣脱，拼命大喊不认识对方。
可女人只是露出苦恼的表情解释说这是小孩子在耍性子，然后又把名片递给毛利父女，自称江户川文代。
看着交谈甚欢的毛利父女和“江户川文代”，柯南已经吓傻了。
柯南只是编造的人物，怎么可能会有母亲？
毛利父女没有一点疑心地将柯南交给了江户川文代，并完全无视了坐在副驾驶座上，将车窗锤得哐哐作响的柯南。
“这位太太，可别忘了你的谢礼喔！”
对着离开的车，小五郎不忘叮嘱一声。
“再见了，柯南……”小兰在心里默默念着。
在车上，江户川文代清晰地点出了柯南的真实身份工藤新一，直接把柯南吓傻了。
不过他也趁女人掏枪威胁的机会，一脚踩到油门让车辆失控撞进停车场并趁机逃走。
此时的柯学世界已经进入了冬天，在漫天飞雪中，柯南艰难地逃生。
一路上他都在想为什么自己会暴露，明明自己变小后完全没有暴露身份。（注1）
现在也不能返回毛利侦探事务所，因为那会让小兰陷入危险。
最终他决定去向阿笠博士求助。
可博士不在家，他在顶着漫天大雪在墙角等了许久才看到回来的博士，正准备上前，却被人从背后迷晕了。
再醒过来，就被人用绳子捆在房间里，又听到了一大段足以在琴酒cos大赛中击败琴酒的对话，不过柯南也从中提取了关键信息，比如明天的交易之类的。
等到夜深，他用撞碎的酒瓶割断绳子，并幸运地找到了房间内垫子下的储物室躲了进去，成功在第二天骗过了两人。
等两人出发去进行交易后，他才终于敢出来，在屋子里搜集线索。
最终从剪得坑坑洼洼的报纸和挂历上确定了“米花豪华饭店30”。
一路追踪过去，又推理出30是车位，并终于成功跟踪形迹可疑的高大男人找到了301房间。
又在差点被发现前混进了隔壁房间，为了骗小孩说出了无比黑历史的“我是宇宙侦探柯南”，以及利用蝴蝶结变声器伪装成“莱波星人”。
还用“宇宙侦探柯南的最高机密”这种羞耻度拉满的理由骗走隔壁小女生的口香糖。
在完成这一切后，柯南又借用服务员送餐的机会，利用口香糖黏住钥匙孔混进了301房间。
就当他混进衣柜躲起来，刚松了口气时。
就听到外面的带着诡异笑脸面具的高礼帽男人开口：“我先向你们介绍一位客人。”
柯南吓尿了。
女人立刻去翻餐车，没有收获。
而那个男人却一把拉开了门口衣柜。
“事实上，他躲在这个衣柜中！”
枪指头，柯南这次是真的吓傻了，想用手表麻醉针，却发现已经被人弄坏了。
“再见了，高中生侦探工藤新一！”
男人扣动了扳机。
一瞬间，柯南想到了很多。
然而，那是玩具枪。
屋子里的人都笑了起来。
柯南一脸懵逼地看着面前的男人摘下面具。
这真是他爹。
不出所料，那个自称他妈妈的人，也真是他妈，至于所谓的交易对象，则是阿笠博士。
柯南无语。
优作也开始解释这是对柯南的推理测试，并评论水平勉强及格。
最后，优作和有希子笑眯眯地提议：“你还是快点离开这个危险的国家，和爸妈一起到国外过悠闲日子吧！”
至于恢复身体的药，优作也表示他已经拜托在国际刑警工作的朋友去调查酒厂。
“所以，停止你的侦探游戏吧！”
“不！我自己的事情自己解决！你们别插手！”
柯南直截了当地拒绝，“而且……我还有……无法离开日本的理由！”
背后传来一阵笑声。
柯南回过头，看到东野纪一正举着摄像机站在后面。
“东野警部？”柯南懵了，自己爸妈和阿笠博士就算了，怎么还有这个人的事情？
然后他就看到一个小女孩从大门口钻了进来。
女孩摘下帽子，露出一头微卷的茶发。
“啊拉，原来可以模仿各种声音的莱波星宇宙侦探柯南的最高机密就是用口香糖来打开门锁吗？”女孩的语气很平淡，但是在柯南耳里却显得无比阴阳怪气。
“你又是谁啊……”柯南露出死鱼眼，这群大人胡闹就算了，你一个小女孩在这里搞什么？
“APTX4869，就是你被灌下的那种药物，是组织命令我做的。”